用于凍干箱及冷阱凍干前（后）的滅菌，即利用飽和蒸汽在較短時間內(nèi)有效殺死微生物及芽胞體，該功能可由自動程序來完成。滅菌時必須使用潔凈蒸汽，即必須使用純蒸汽發(fā)生器產(chǎn)生的飽和純蒸汽來對凍干機進行滅菌操作。該系統(tǒng)由滅菌腔室（凍干箱、冷阱）、水環(huán)泵、閥門、管路、溫度控制及壓力控制系統(tǒng)組成。
SIP工藝流程：
準(zhǔn)備階段 → 箱門鎖定 → 升溫（預(yù)熱）階段 → 保溫（滅菌）階段 → 排氣階段 → 抽空干燥階段 → 冷卻階段 → 箱門解鎖 → 結(jié)束程序。
一、準(zhǔn)備階段：
將凍干箱內(nèi)板層升至正常位置，按要求放置好溫度探頭，確定冷阱化霜完畢，箱阱閥開啟后，關(guān)閉箱門，開啟控制柜上的記錄儀表，將“滅菌F0控制”儀表設(shè)定為選定的F0值（F0值應(yīng)根據(jù)工藝要求進行設(shè)定，一般為8～30）及計時啟始溫度值（100～110℃左右），將“滅菌壓力控制” 儀表設(shè)定好相應(yīng)的數(shù)值（1.1～1.4 bar）,進入SIP自動程序。箱門接近開關(guān)動作，箱、阱進氣閥關(guān)閉，總排出閥關(guān)閉，箱、阱排出閥開啟，水環(huán)泵進水閥開啟，水環(huán)泵閥開啟，水環(huán)泵啟動，運行約10分鐘后，水環(huán)泵閥關(guān)閉，水環(huán)泵運行停止，水環(huán)泵進水閥關(guān)閉，準(zhǔn)備階段完成。
二、箱門鎖定：
氣動門鎖系統(tǒng)啟動，箱門被自動鎖定，氣密封組件動作，門條移出，密封箱門。操作人員檢查門的鎖定狀況并確認后，給出鎖定信號。
三、升溫（預(yù)熱）階段：
自控系統(tǒng)得到鎖定信號后，無菌氣閥、無菌氮氣閥關(guān)閉，蒸汽閥開啟，蒸汽旁通閥開啟，純蒸汽進入凍干箱及冷阱內(nèi)。當(dāng)箱內(nèi)壓力達到0.02 MPa時，箱排出閥、阱排出閥開啟，疏水器閥開啟，冷凝水通過疏水器排出。設(shè)置于箱排出管道上測溫點處的溫度不斷上升，同時蒸汽旁通閥關(guān)閉，純蒸汽通過無菌濾器進入箱阱內(nèi)，對無菌濾芯進行滅菌操作。隨著蒸汽壓力的上升，箱內(nèi)溫度也逐漸上升。
四、保溫（滅菌）階段：
當(dāng)箱排出口（zui冷點）處的溫度上升至“滅菌F0值控制”儀表的計時啟始溫度時，保溫計時開始。純蒸汽閥會根據(jù)“滅菌壓力控制”儀表的設(shè)定值（一般在1.1～1.4bar范圍內(nèi)）自動開啟或關(guān)閉，箱內(nèi)溫度逐漸上升至121℃左右。如果純蒸汽閥未能按設(shè)定值關(guān)閉，這時箱、阱內(nèi)的壓力就會繼續(xù)上升（溫度也相應(yīng)上升）。當(dāng)上升至“滅菌壓力控制”儀表的報警點（一般設(shè)定在0.16 MPa）時，壓力控制儀表就會動作，對純蒸汽閥強制關(guān)閉，同時發(fā)出聲光報警；如果壓力控制儀表仍未能使純蒸汽閥關(guān)閉，壓力會繼續(xù)上升，則位于冷阱上方的電接點壓力表就會動作，再次使蒸汽閥關(guān)閉（一般設(shè)定在0.18 MPa）；若純蒸汽閥仍未關(guān)閉，壓力還會繼續(xù)上升，當(dāng)達到0.20 MPa時，設(shè)置在凍干箱及冷阱頂部的安全閥會自動開啟，釋放出超壓的蒸汽。
五、排氣階段：
滿足設(shè)定的F0值后，純蒸汽閥關(guān)閉，疏水器閥關(guān)閉，總排出閥開啟，箱阱內(nèi)蒸汽排出，壓力開始逐步下降。
六、抽空干燥階段：
當(dāng)箱內(nèi)壓力降至0.02 MPa時，總排出閥關(guān)閉，水環(huán)泵進水閥開啟，水環(huán)泵閥開啟，水環(huán)泵啟動，通過箱排出閥及阱排出閥抽吸箱阱內(nèi)的水蒸汽。由于殘余的水份蒸發(fā)，箱阱內(nèi)逐步達到干燥的目的，同時箱阱內(nèi)的溫度也得到降低。水環(huán)泵運行時間設(shè)定為30分鐘（可調(diào)），水環(huán)泵運行10分鐘時，氣密封組件動作，氣密封門條被吸回。達到設(shè)定時間后，箱排出閥關(guān)閉，阱排出閥關(guān)閉，水環(huán)泵閥關(guān)閉，水環(huán)泵運行停止，水環(huán)泵供水閥關(guān)閉，總排出閥開啟。
七、冷卻階段：
水環(huán)泵的運行雖然可以使箱阱內(nèi)溫度下降，但溫度仍然處于較高的狀態(tài)，因此本機帶有強制水冷卻系統(tǒng)，在水環(huán)泵運行的同時，冷卻水進入凍干箱體、凍干箱門及冷阱的冷卻夾套內(nèi)，進行強制降溫操作。當(dāng)冷卻水排出口的溫度低于30℃時，強制冷卻結(jié)束。這時開啟冷凍機對凍干箱制冷，待流體溫度降至20℃時，轉(zhuǎn)而對冷阱降溫至20℃，冷卻階段結(jié)束，冷凍機運行停止。
八、箱門解鎖：
氣動門鎖系統(tǒng)啟動，箱門自動解鎖。
九、結(jié)束程序：
箱門自動解鎖后，箱進氣閥、阱進氣閥開啟，向箱阱內(nèi)放入無菌空氣，為下一次凍干作準(zhǔn)備，SIP自動程序結(jié)束。
